Préchauffer le four à 180 °C (350 °F). Placer des moules à muffins en papier sur une plaque à muffins.
Dans un grand bol, mélanger tous les ingrédients secs, soit la farine tout usage, la farine de blé entier, la cassonade, les flocons d’avoine, les raisins secs, la poudre à pâte, le gingembre, la cannelle et une pincée de sel. Ajouter les carottes râpées.
Dans un autre bol, mélanger au fouet l'huile, le lait, les œufs et le zeste de citron. Ajouter le mélange aux ingrédients secs et mélanger délicatement à la spatule jusqu'à ce que le mélange soit à peine humide. Répartir la pâte dans les moules.
Cuire au centre du four pendant 25 minutes ou jusqu'à ce qu'un cure-dents inséré au centre d'un muffin en ressorte propre.
Laisser tiédir. Démouler et laisser refroidir sur une grille.